Il Museo, formalmente istituito e incardinato nel “museo multiplo” Civici Musei di Storia ed Arte con Deliberazione Giuntale n. 211 dd. 3 marzo 1997, nasce dalla straordinaria collezione di Diego de Henriquez, acquisita dal Comune di Trieste nel 1983 e costituita da circa 15.000 oggetti relativi sia alla prima che alla seconda guerra mondiale. Non si tratta di un museo “di guerra” comunemente inteso, ma del “museo della società del Novecento in guerra” con i suoi demoni e i suoi orrori, nel lungo e contrastato cammino verso la pace.